Y dentro de los host virtuales de MV de asistencia tenemos que agregar el siguiente código para que nos reconozca las rutas
<Directory /var/www/html/asistencia.siua.ac.cr/public/>
AllowOverride All
</Directory>
Quedando así el asistencia.siua.ac.cr.conf
<VirtualHost *:80>
#************************************************************************
#******************* DATOS DEL SITIO WEB ********************************
#************************************************************************
ServerName asistencia.siua.ac.cr
ServerAlias www.asistencia.siua.ac.cr
ErrorLog /var/log/apache2/asistencia_80.siua.ac.cr-error.log
CustomLog /var/log/apache2/asistencia_80.siua.ac.cr-access.log common
#************************************************************************
#********************** DATOS DEL WEBMASTER *****************************
#************************************************************************
ServerAdmin interuniversitariadealajuela@gmail.com
Header add Author "Unidad de Gestion e Innovacion Tecnologica"
#************************************************************************
#********************* DATOS DEL REDIRECIONAMIENTO **********************
#************************************************************************
RedirectMatch permanent ^/(.*) https://asistencia.siua.ac.cr/$1
#************************************************************************
#************************* DATOS DEL SITIO WEB **************************
#************************************************************************
DocumentRoot /var/www/html/asistencia.siua.ac.cr/public/
<Directory /var/www/html/asistencia.siua.ac.cr/public/>
AllowOverride All
</Directory>
</VirtualHost>
Y así asistencia.siua.ac.cr-le-ssl.conf
<IfModule mod_ssl.c>
#************************************************************************
#HTTPS://www.asistencia.siua.ac.cr
#************************************************************************
<VirtualHost *:443>
ServerName www.asistencia.siua.ac.cr
RedirectMatch permanent ^/(.*) https://asistencia.siua.ac.cr/$1
#************************************************************************
#*************************** DATOS DEL CERTIFICADO **********************
#************************************************************************
SSLEngine on
SSLCertificateFile /etc/apache2/certificados/asistencia.siua.ac.cr/fullchain.pem
SSLCertificateKeyFile /etc/apache2/certificados/asistencia.siua.ac.cr/privkey.pem
<Directory /var/www/html/asistencia.siua.ac.cr/public/>
AllowOverride All
</Directory>
</VirtualHost>
#************************************************************************
#HTTPS://asistencia.siua.ac.cr
#************************************************************************
<VirtualHost *:443>
#************************************************************************
#******************* DATOS DEL SITIO WEB ********************************
#************************************************************************
ServerName asistencia.siua.ac.cr
ErrorLog /var/log/apache2/asistencia_443.siua.ac.cr-error.log
CustomLog /var/log/apache2/asistencia_443.siua.ac.cr-access.log common
#************************************************************************
#********************** DATOS DEL WEBMASTER *****************************
#************************************************************************
ServerAdmin interuniversitariadealajuela@gmail.com
Header add Author "Unidad de Gestion e Innovacion Tecnologica"
#************************************************************************
#************************** DATOS DEL CERTIFICADO ***********************
#************************************************************************
SSLEngine on
SSLCertificateFile /etc/apache2/certificados/asistencia.siua.ac.cr/fullchain.pem
SSLCertificateKeyFile /etc/apache2/certificados/asistencia.siua.ac.cr/privkey.pem
#************************************************************************
#************************** DATOS DEL SITIO WEB *************************
#************************************************************************
DocumentRoot /var/www/html/asistencia.siua.ac.cr/public/
<Directory /var/www/html/asistencia.siua.ac.cr/public/>
AllowOverride All
</Directory>
</VirtualHost>
</IfModule>